我们都听过“哑巴吃黄连，有苦说不出”这句话，这也间接地说明了黄连这味药材是很苦的，而在中医认知中“苦能清热”，黄连味苦，性寒，也就说明了黄连这味药材主要会用于“清泻心胃火热”，“凉肝胆”，“解热毒”等之中，并有一定的“燥湿”作用，因为四川产的黄连效力较好，一般也会称为“川黄连”。
像由于心胃火热导致的“口舌生疮”，“目赤牙痛”，“尿赤便秘”等症，就可以使用黄连配伍生地，木通，竹叶，黄芩，生大黄等药材治疗；而像血分热毒积聚引起的“疮疡疖肿”等症，可以使用本药材配伍黄芩，栀子，黄柏，赤芍，地丁，二花，连翘等药材治疗。
在温热病邪入心之后会出现“神昏谵语”，“烦躁不宁”，“汗出口渴”，“身热”，“舌红”等症，这时也可以使用黄连配合天竺黄，郁金，菖蒲，远志，连翘，犀角，生地，元参等药材同用。
心热亢盛引起的“心烦不眠”，“口干舌红”，“尿黄脉数”等症候，可以使用黄连配伍栀子，生地，当归，甘草，辰砂，豆豉等药材治疗。
当热邪结聚于胃脘而出现“心下痞满”，“脘腹热痛”等症，可以配合厚朴，枳实，半夏，瓜蒌，陈皮，茯苓，生大黄等药材使用，在这里要说一下，治疗“心下痞”的常用药材就是黄连配合枳实。
另外黄连还有“清肝明目”的作用，常用于此的方子便是“黄连羊，肝丸”，配伍便是黄连，龙胆草，草决明，石决明，密蒙花，夜明砂，茺蔚子，黄芩，柴胡，木贼草，青皮，黄柏，羊肝，蜂蜜。主用于肝经火热，血虚不荣引起的“两目昏暗”，“视物不清”，“雀目夜盲”等症，而且黄连煎水来外用洗目，也可以用于“目赤目痛”，“暴发火眼”等，其中包括“急性结膜炎”等症。
黄连还能燥湿，对湿热积滞引起的“痢疾”也有一定的效果，可以配合木香，白芍，当归，槟榔，黄芩，白头翁，茯苓，厚朴，枳实等药材。
黄连配合吴茱萸可用于肝火旺，肝胃不和而引起的“胃痛嘈杂”，“泛吐酸水”;黄连配合细辛，可用于“口疮”;配合肉桂可用于“心肾不交”;配合干姜用于“腹寒痛下痢”；配合大蒜用于“大便下血”;古人对于这些经验皆用一寒一热，一阴一阳来互相配伍，互相制约而取得功效，所以我们在组织处方的时候也可以借鉴。
拿黄柏和黄连做一个对比，黄柏偏重用于“清下焦湿热”并能“坚肾”；而黄连偏重于“清中焦湿热”并能“泻心火”。黄连可分为“胡黄连”和“川黄连”胡黄连偏用于“骨蒸劳热”，“五心烦热”并用于“小儿疳积”，“惊痫”；川黄连偏重于“中焦湿热”并可用于各种“疮疡肿毒”。
据近代研究报道，黄连有广泛的抗菌作用，其中对于“痢疾杆菌”的作用最强，主要的有效成分便是我们熟知的“黄连素”，可以参考。但是需要注意的是“阴虚烦热”，“脾肾虚泻”，“气虚作泄”这类人群要忌用。
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